1ère Partie : Généralités
1. Qu’est-ce que le microbiote ?
Le microbiote définit une communauté de micro-organismes colonisant le corps humain. Les humains ont co-évolué avec les microbes dans l'environnement, et chaque habitat corporel a un ensemble unique de micro-organismes dans son microbiote. La totalité des microbiotes présents dans le corps humain est composée de plus de 38 000 milliards de cellules, soit 0.3% du poids total du corps ¹. Les plus grandes concentrations de microbes occupent l'intestin, la peau et la cavité buccale, et parmi les différents microbiotes, celui du tube digestif renferme le plus de micro-organismes en termes de nombre et d’espèces ¹ ². En effet, le microbiote intestinal est composé de plus de mille espèces de micro-organismes, telles que des virus, des bactéries et des champignons ³⁻⁶ . Tout d’abord identifiés comme des vecteurs de maladie au cours du XXème siècle ⁷⁻⁸, il est désormais établi que certains micro-organismes sont non seulement commensaux, c’est-à-dire qu’ils colonisent l’organisme sans causer de tort, mais surtout symbiotiques avec leur hôte : ils sont bénéfiques au bon fonctionnement du corps ⁹.
2. Quel est le rôle du microbiote ?
Au niveau de l’intestin, le microbiote est impliqué dans un grand nombre de fonctions indispensables au bon fonctionnement de l’organisme. Il intervient ainsi dans des grandes fonctions essentielles comme la nutrition, le développement, l’immunité et le bien-être ¹⁰⁻¹². Le microbiote intestinal est indispensable à la dégradation des aliments, à la synthèse de vitamines et biomolécules utiles à l’organisme, à l’absorption des acides gras, du calcium et du magnésium ⁶ ¹³, mais aussi au bon fonctionnement des défenses immunitaires, des grands systèmes qui régissent le corps humain, etc.
3. Comment évolue le microbiote au cours d'une vie ?
Chaque individu possède une population distincte et unique de micro-organismes dans son environnement ¹⁴, même si nous possédons des souches en commun entre individus. Par ailleurs, le microbiote n'est pas constant au cours d’une vie, sa composition fluctue en réalité significativement avec l'âge et en réponse à certains changements (alimentaires, sanitaires, comportementaux,…). La flore intestinale est constamment exposée à différents éléments qui peuvent changer sa composition, qu’il s’agisse du régime alimentaire, des médicaments ingérés comme les antibiotiques, ou d’agents pathogènes vecteurs de maladie par exemple. Une modification de notre mode de vie peut entraîner des modifications du microbiote intestinal, comme cela a été établi dans le cas de l'activité physique ¹⁵. L’influence du mode de vie sur le microbiote intestinal est donc bien avérée et importante. La comparaison du microbiote de populations des pays industrialisés avec celui de populations contemporaines vivant toujours de manière traditionnelle met en évidence un rôle fonctionnel différent du microbiote entre ces deux types de population. Par exemple, le microbiote ne dégradera plus les mêmes éléments ingérés, la modification fonctionnelle de l’activité du microbiote semblant liée à une perte de diversité des espèces bactériennes ¹⁶ ¹⁷.
4. Quels sont les facteurs de risque d’un microbiote déséquilibré ?
Si l’on s’attarde autant sur l’importance d’un microbiote en bonne santé, c’est que celui-ci peut être détérioré dans sa composition, on observe un déséquilibre dans sa composition en micro-organismes : une augmentation des souches pathogènes et/ou une diminution des souches bénéfiques. Lorsque ce déséquilibre est trop important, on parle alors de dysbiose. Cette altération de la flore intestinale peut avoir des conséquences minimes, comme des problèmes intestinaux légers, mais également des soucis de santé bien plus importants : en effet, la recherche trouve de plus en plus de liens compromettants entre dysbiose et obésité ¹⁸, hypertension ¹⁹, dépression ²⁰, etc.
Les mécanismes et manifestations sous-jacentes de la dysbiose restent flous : les facteurs de risques et les conséquences de cet état sont nombreux. Parmi les principaux facteurs de risque, on retrouve le stress, certaines maladies inflammatoires, certains troubles métaboliques et certains traitements médicamenteux ²¹.
Un facteur génétique est également à prendre en compte dans l’étiologie de la dysbiose. Mais l’un des facteurs les plus importants reste l’alimentation, et les changements brutaux de régime alimentaire. En effet, l’alimentation largement industrialisée que nous connaissons aujourd’hui a une grande part de responsabilité dans l’apparition de la dysbiose : conservateurs, additifs, perturbateurs endocriniens, pesticides, apports en macronutriments déraisonnables… Tous ces facteurs ont une influence sur la constitution de notre microbiote intestinal. Enfin, alcool et tabac sont encore une fois des facteurs de risque non-négligeables ²²,²³.
Mais l’une des raisons qui peut mettre en danger la composition de son microbiote intestinal tout au long de sa vie, c’est la mauvaise constitution de celui-ci pendant l’enfance. En effet, de bonnes habitudes sont à adopter si l’on souhaite que son enfant profite d’un microbiote optimal dans le futur.
2ème Partie : L'importance de l'enfance dans la constitution du microbiote
1. Comment les humains constituent-ils leur microbiote ?
Dès les premières secondes de vie, nous façonnons nos différents microbiotes. En effet, nous entrons au contact de micro-organismes environnants dès la naissance. En accouchement par voie basse, par exemple, les nouveaux-nés rencontrent tous types de micro-organismes dans le vagin de leur mère, et au contact de l’environnement hospitalier : c’est la première étape de formation du microbiote. Des études ont d’ailleurs mis en lumière un lien entre composition de la flore intestinale et mode/lieu d'accouchement, ce qui impacte par la suite le risque de manifestations atopiques ²⁴. D’autres facteurs entrent en jeu lors de la naissance pour faciliter la bonne constitution du microbiote de l’enfant, notamment le contact avec la peau des parents et l’allaitement, qui permet de transmettre quelques bactéries probiotiques. Le lait maternel contient également quelques fibres à effet prébiotiques. Mais il est important de veiller à démultiplier les bonnes habitudes tout au long de l’enfance. Parmi eux, on a par exemple l’exposition à des animaux de compagnie, qui permettent à l’enfant de rentrer au contact d’une multitude de nouveaux micro-organismes et de renforcer sa flore intestinale. La recherche a également mis en lumière l’importance de limiter l’administration d’antibiotiques, c’est-à-dire d’en limiter l’utilisation à quand cela est réellement nécessaire ²⁵.
Encore une fois, l’alimentation joue un rôle essentiel. Dès la naissance, le mode d’alimentation aura un impact sur la composition de la flore intestinale de l’enfant. Les chercheurs s’accordent à dire que l’allaitement aura un impact bénéfique sur le microbiote de l’enfant, par rapport à l’alimentation au lait maternisé ²⁶.
Une bonne diversification alimentaire, contrôlée et variée, pendant l’enfance, permettra à chaque individu de se constituer un microbiote intestinal solide.
Certaines études tendent à démontrer que les altérations du microbiote intestinal de l’enfant pourraient être liées à des altérations antérieures du microbiote maternel pendant, ou même avant l’accouchement ²⁵.
Le problème majeur en ce qui concerne le microbiote des enfants reste les facteurs de risque auxquels ils sont exposés. Cela met grandement en danger le bon déroulé de la constitution de leur microbiote, et fragilise leur résistance aux futures pathologies. L’un des meilleurs indicateurs de cette situation reste la prévalence croissante de certaines pathologies. En effet, les allergies (cutanées, respiratoires, et généralisées) concernent 25-30 % de la population mondiale. Alors que ce chiffre ne dépassait pas les 3 % en 1970, il devrait se situer aux alentours des 50 % en 2050 selon l’Organisation Mondiale de la Santé ³⁵. Un autre chiffre parlant porte sur les infections intestinales virales. En France, les gastro-entérites aiguës virales sont de plus en plus fréquentes et 90 % des enfants de moins de 2 ans y ont déjà été sujet. Le bon déroulé de la constitution du microbiote des enfants est ralenti de nos jours et il est donc judicieux de se tourner vers des solutions.
2. Quelles solutions pour permettre à son enfant de bénéficier d’un microbiote optimal ?
Certaines études ont démontré l’effet bénéfique des fibres alimentaires et des prébiotiques pour moduler le microbiote intestinal des enfants. Par exemple, l’ajout d’oligosaccharides et d’autres prébiotiques aux préparations pour nourrissons ont engendré un effet bifidogène et une diminution des agents pathogènes. D’autres prébiotiques augmentent les taux de Bifidobactéries, c’est le cas de l’inuline ²⁷.
En ce qui concerne les probiotiques, certaines recherches mettent en évidence l’efficacité de certaines souches dans le traitement de certaines affections. Cependant, l’étude mentionnée ci-après souligne que les soignants doivent tenir compte de la spécificité des souches en fonction des maladies lorsqu’ils conseillent une supplémentation en probiotiques enfant. Dans cette étude, par exemple, il a été démontré une efficacité sur la diarrhée infectieuse aiguë pour les souches Lactobacillus rhamnosus GG et Saccharomyces boulardii I-745. En ce qui concerne les coliques infantiles, Lactobacillus reuteri DSM s’est montrée plus efficace, et dans le traitement du syndrôme du côlon irritable, on préférera recommander Lactobacillus rhamnosus GG. L’étude mentionne des résultats intéressants en ce qui concerne le traitement de l’entérocolite nécrosante, des allergies alimentaires et de la stéatose hépatique non-alcoolique par supplémentation en probiotiques ²⁸.
La supplémentation en probiotiques pourrait également se révéler être une solution pour pallier les problèmes de croissance chez les enfants vivant dans les pays en développement et/ou en situation de sous-nutrition. Une revue systématique de la littérature a été effectuée et publiée en 2015. Dans celle-ci, cinq études sur douze mettaient en avant les effets bénéfiques de la supplémentation en probiotiques sur la croissance des enfants. Ces cinq études ont toutes été faites sur des populations d’enfants issus de pays en développement : 4 études ont été menées sur des enfants sous-alimentés, et une sur des enfants bien nourris. Les 7 autres études ont été menées dans des pays développés : aucun effet significatif sur la croissance n’a été trouvé. Les résultats suggèrent donc que les probiotiques ont le potentiel d’améliorer la croissance des enfants sujets à la sous-nutrition. Des recherches supplémentaires sont cependant à entreprendre ²⁹.
En ce qui concerne les pathologies de la peau, comme la dermatite atopique, communément appelée eczéma, une récente étude a permis de vérifier les bénéfices des probiotiques. Même si l'administration de probiotiques seulement avant ou après la naissance n’a pas engendré une réduction significative de l’incidence de la dermatite, l’utilisation couplée de probiotiques en prénatale et postnatale a significativement réduit l’incidence de cette maladie ³⁰.
Mais les recherches ne se concentrent pas uniquement sur la santé physique, les troubles psychiques sont également étudiés. Les chercheurs ont également mis en évidence un lien entre dysbiose et trouble du spectre autistique (TSA) : les preuves établissant un lien entre altérations de la composition du microbiote intestinal et symptômes neurocomportementaux chez les enfants atteints de TSA sont nombreuses ³¹. On a donc cherché à savoir si les probiotiques pouvaient jouer un rôle dans le traitement des symptômes du TSA chez les enfants. Une étude datant de 2018 a conclu que ces micro-organismes avaient des effets bénéfiques sur les manifestations comportementales de la pathologie, entre autres, et ils seraient donc recommandés comme traitement adjuvant ³². D’autres recherches soulignent un effet favorable de la prise de probiotiques dès l’enfance sur la réduction des risques de développer un trouble de déficit de l’attention et une hyperactivité (TDAH) ³³.
Enfin, et plus généralement, la supplémentation en probiotique à un jeune âge semble stimuler les défenses immunitaires. Dans une étude de 2019, des chercheurs ont mis en évidence une augmentation de la production de certains acteurs de la réponse immunitaire, lorsque l’enfant (de moins de 2 ans) suivait un traitement probiotique ³⁴.
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