Loin d’être inné, le microbiote se construit de manière progressive dans les premières années de la vie. C’est au moment de l’accouchement et des premières heures de sa vie que l’intestin du bébé, auparavant stérile, est colonisé par des bactéries. En effet, la naissance est une étape cruciale, puisque c’est le moment où le bébé quitte le ventre de sa mère, un milieu protégé, pour se retrouver face à un environnement peuplé de bactéries. Lors d’un accouchement par voie basse, le passage du bébé par le canal vaginal assure le premier contact bactérien avec la flore vaginale de la maman. D’où l’importance du maintien d’une flore vaginale saine et équilibrée pendant la grossesse. Malheureusement, ce phénomène n’a pas lieu en cas d’accouchement par césarienne. Cet héritage de bonnes bactéries, au potentiel probiotique, est le socle du futur microbiote intestinal du bébé, qu’il construit les 3 premières années de sa vie. En effet, un dialogue constant s’installe entre le microbiote et le système immunitaire du bébé. Ce dernier pourra alors apprendre à tolérer les bonnes bactéries et lutter contre les mauvaises.